薬物療法は鼻水を抑える抗ヒスタミン薬や、鼻づまりを改善する作用があるロイコトリエン受容体拮抗薬、抗炎症作用により鼻水、鼻づまりの両者に効果のある点鼻薬などを組み合わせて行います。先述の重症度や、アレルギーの原因によって、薬の種類や投薬期間を考えます。目の症状がある場合にも内服薬により症状が軽減されますが、効果が不十分な場合には抗ヒスタミン効果のある点眼薬を併用します。それでも目の症状が強い場合には、眼科専門医を受診することを推奨します。
なお、抗ヒスタミン薬は多くの種類があり、同じ薬でも人によって効く場合・効かない場合、副作用である眠気が出やすい方、出にくい方がいます。耳鼻咽喉科の診療では、診察所見等により、効果が十分に期待でき、かつ出来るだけ眠気がでにくい薬を選択、組み合わせて治療します。相談しながら、いくつかの抗ヒスタミン薬を試してみることが有効なこともあります。補助的な位置付けですが漢方薬もあります。
症状の出やすい時期が予測できる花粉症では、「初期療法」を推奨します。花粉症は一般的に悪化してから治療を始めると、薬の効果が得られにくく、症状もなかなか改善しません。初期療法は花粉飛散時期の2週間程度前から抗アレルギー薬による治療を開始します。早めに薬を使用することで、花粉飛散ピーク時の症状を抑えることができたり、症状が現われる期間を短くできたり、薬剤の使用を少なくできる、といったメリットが期待できます。